Nach dem 1. Weltkrieg eröffnete er eine eigene Praxis und ein eigenes Labor. Hier entwickelt er seine Impfstoffe weiter, bereitet daraus homöopathische Nosoden, die sog. Bach-Nosoden. Jeder seiner 7 Nosoden ordnet er spezifische Gemütssymptome der Patienten zu. Seine Forschungsarbeit konzentriert sich zunehmend auf die Suche nach reineren Heilmitteln, und er will die Darmnosoden durch Pflanzen ersetzen. Verstärkte Beobachtung der psychischen Komponenten im Krankheitsgeschehen führte zur Veröffentlichungen erster Ergebnisse.
1930 gibt er die erste Ausgabe seiner bekannten Schrift Heal Thyself (Heile dich selbst) heraus. Im Laufe dieser Jahre findet Bach die ersten 19 seiner neuen Heilmittel und behandelt mit ihnen erfolgreich viele Patienten. Wegen der Verbreitung seiner Erkenntnisse in Laienkreisen und seiner Zusammenarbeit mit medizinischen Laien bekommt er Probleme mit ärztlichen Standesorganisationen. Bach hält aber an seinen Standpunkten fest. Eine Streichung aus dem ärzteregister unterbleibt.
In den Jahren 1934-35 entwickelt er weitere 19 Heilmittel, vorwiegend aus den Blüten von Bäumen. Danach betrachtet er sein System als abgeschlossen und wird durch eine Vortragstätigkeit einer breiten Öffentlichkeit bekannt. 1936 stirbt er an Herzversagen.
Seine Bachblütentherapie hat einen festen Platz in der heilpraktischen Arbeit gefunden. Aus medizinischer Sicht konnte eine Wirksamkeit, die über die Wirkung des sogenannten Placeboeffektes hinausgeht, nicht nachgewiesen werden.