Unterorganisationen sind "Church", "WISE" und "SOCO". Zur Abteilung "Church" gehören die Organisationen, die - sozusagen als scheinreligiöser Arm - unmittelbar an die Öffentlichkeit gehen und sich als "Kirche" oder "Religionsgemeinschaft" zu etablieren versuchen. Dazu gehören unter anderem die "ORGS" am Hamburger Steindamm oder in Hamburg-Eppendorf, Filialen in Kiel und neurdings wohl auch in Schwerin, aber auch die "Celebrity Centers".
"WISE" steuert weltweit die (häufig verborgenen) wirtschaftlichen Aktivitäten. Dies geschieht überwiegend dadurch, daß WISE die Hubbard-Methoden lizensiert und von den angeschlossenen Firmen Lizenzgebühren erhält. Ziel aller WISE-Unternehmen ist es, Hubbards Ideen und damit Scientology durch die Ausübung wirtschaftlicher Macht möglichst weit zu verbreiten.
Die dritte Abteilung "SOCO" (Social Coordination) steuert die Vorfeldaktivitäten im sozialen und politischen Umfeld mit dem Ziel, ein für Scientology günstiges Klima zu schaffen. Dazu gehören beispielsweise die angebliche Drogentherapie Narconon, ABLE (Association for Better Living and Education), die "The way to happiness Foundation", die sogenannte "Kommission für Verstöße der Psychiatrie gegen Menschenrechte" und andere mehr.